امام خمینی تحصیلات مقدماتی خود را در مکتب محلی و مدرسه ای در خمین گذراند سپس
در سال 1299 خورشیدی، برای تکمیل تحصیلات خود راهی اراک شد و وارد مدرسه سپهدار
شد. یک سال بعد به دنبال مهاجرت آیت الله حائری به حوزه علمیه قم، خمینی نیز راهی این
شهر شد. و او علاوه بر دروس فقه و اصول، درس فلسفه، ریاضیات، هیئت و عرفان را نیز نزد
اساتید صاحب نام فراگرفت.
امام خمینی از سنین کودکی و نوجوانی با بهره گیری از هوشی سرشار، قسمتی از معارف متداول روز و علوم مقدماتی و سطح حوزه های دینیه، از آن جمله ادبیات عرب، منطق، فقه و اصول را نزد معلمین و علمای منطقه خمین نظیر آقا میرزا محمود افتخار العلماء، میرزا رضا نجفی خمینی، شیخ علی محمد بروجردی، آقاشیخ محمد گلپایگانی و مرحوم آقا عباس اراکی و بیش از همه نزد برادر بزرگش آیت الله سید مرتضی پسندیده فرا گرفت و در سال 1298 ه. ش عازم حوزه علمیه اراک شد.
اندکی پس از هجرت آیت الله العظمی حاج شیخ عبدالکریم حائری یزدی (نوروز 1301 هجری شمسی، مطابق با رجب المرجب 1340 هجری قمری) امام خمینی نیز از طریق خمین رهسپار حوزه علمیه قم گردید و به سرعت مراحل تحصیلات تکمیلی علوم حوزوی را نزد اساتید حوزه قم طی کرد، ایشان تنها به ادبیات عرب و دروس فقه و اصول بسنده نکرد و به دیگر رشته های علمی نیز علاقه مندانه روی آورد. از این رو همزمان با فراگیری فقه و اصول نزد فقها و مجتهدینِ وقت به فراگیری ریاضیات و هیئت و فلسفه نزد مرحوم حاج سید ابوالحسن رفیعی قزوینی و ادامه همین دروس به اضافه علوم معنوی و عرفانی نزد مرحوم آقا میرزا علی اکبر حکمی یزدی و عروض و قوافی و فلسفه اسلامی و فلسفه غرب نزد مرحوم آقا شیخ محمدرضا مسجدشاهی اصفهانی و عالیترین سطوح عرفان نظری و عملی را به مدت شش سال نزد مرحوم آیت الله آقا میرزا محمدعلی شاه آبادی ـ اعلی الله مقاماتهم ـ پرداخت. امام خمینی با آیت الله حاج میرزا جواد ملکی تبریزی نیز مأنوس بود و از ایشان به نیکی یاد می کرد.